Στὸ κέντρο τῆς Θεσσαλονίκης, στὴ συμβολὴ τῶν ὁδῶν Ἐγνατίας καὶ Παλαιῶν Πατρῶν Γερμανοῦ, ἀπέναντι ἀπὸ τὸν βυζαντινὸ ναΐσκο τῆς Μεταμόρφωσης τοῦ Χριστοῦ βρίσκεται ὁ ναὸς τοῦ Γενεσίου τῆς Θεοτόκου, περισσότερο γνωστὸς στοὺς Θεσσαλονικεῖς ὡς ναὸς τῆς Παναγούδας ἢ Γοργοεπηκόου. Ἀπὸ τοὺς ρωμαϊκοὺς χρόνους καὶ ἐπέκεινα τὸ κέντρο τῆς πόλης ἦταν πυκνοκτισμένο καὶ πυκνοκατοικημένο. Κατὰ τοὺς βυζαντινοὺς χρόνους στὴν περιοχὴ δέσποζε ὁ μεγάλος ναὸς τῆς Ἁγίας Παρασκευῆς, καθολικὸ μονῆς, νοτιοανατολικὰ τὴς Παναγούδας, μεταξὺ τοῦ ναοῦ τῆς Μεταμόρφωσης καὶ τῆς ὁδοῦ Ἀλεξάνδρου Σβώλου. Ὁ ναὸς αὐτὸς φαίνεται ὅτι σύντομα ἐρειπώθηκε. Ἀργότερα πρὸς τιμὴν τῆς Ἁγίας ἀνηγέρθη στὸ σημεῖο αὐτὸ παρεκκλήσιο, ὁ πλάγιος τοῖχος τοῦ ὁποίου ἦταν ὑπόλειμμα τοῦ πλινθόκτιστου τοίχου τοῦ παλαιοῦ ναοῦ. Τὸ παρεκκλήσιο δὲν σώζεται σήμερα.
Ἀπὸ τὸν 12ο μέχρι τὸν 14ο αἰῶνα ὁ ναὸς τῆς Παναγούδας ἀναφέρεται ὡς τὸ καθολικὸ ἀνδρικοῦ καὶ ἀργότερα γυναικείου μοναστηριοῦ μὲ τὴν ἐπωνυμία «Βασιλικόν», ἡ ὁποία ἐνδέχεται νὰ ὑποδηλώνει σταυροπηγιακὴ σχέση ἢ ἵδρυση ἀπὸ μέλος τῆς αὐτοκρατορικῆς οἰκογένειας ἢ μπορεῖ νὰ ὀφείλεται στὴν παρακείμενη βασιλικὴ ὁδό, τὴν Ἐγνατία. Ἡ μονὴ θὰ πρέπει νὰ ἦταν κοσμημένη μὲ ἐξαιρετικῆς τέχνης εἰκόνες, ἐκκλησιαστικὰ σκεύη καὶ βιβλία, χαρακτηριστικὸ τῆς Παλαιολόγειας ἐποχῆς ποὺ δίνει ἔμφαση στὴν λεπτολόγο φιλοτέχνηση ἀριστουργημάτων. Μόνο διασωθὲν κειμήλιο ἀπὸ τὸ ναὸ ἐκείνης τῆς ἐποχῆς εἶναι ἕνας χρυσοκέντητος μεταξωτὸς ἐπιτάφιος τοῦ 1300 περίπου, ποὺ πιθανότατα προέρχεται ἀπὸ ἐργαστήριο
τῆς Θεσσαλονίκης. Πρόκειται γιὰ ἕνα ἐξαιρετικὸ καὶ μοναδικὸ συγχρόνως ἔργο τέχνης, γνωστὸ σήμερα ὡς «ὁ Ἐπιτάφιος τῆς Θεσσαλονίκης». Ἀπεικονίζει στὸ κέντρο τὸν Χριστὸ νεκρὸ περιτριγυρισμένο ἀπὸ ἀγγέλους. Δεξιὰ καὶ ἀριστερὰ παριστάνεται ἡ μετάδοση τῶν Τιμίων Δώρων ἀπὸ τὸν Χριστὸ στοὺς Ἁγίους Ἀποστόλους. Σήμερα φυλάσσεται στὸ Μουσεῖο Βυζαντινοῦ Πολιτισμοῦ Θεσσαλονίκης.
Ἡ μονὴ συνδέονταν μὲ τὸ Ἅγιον Ὄρος ἢ ὑπῆρξε ἀγιορείτικο μετόχι, πιθανὸν ὄχι μόνον μιᾶς μονῆς τοῦ ἁγιωνύμου Ὄρους. Τὸ 1333-1334 ὁ Ἅγιος Γρηγόριος ὁ Παλαμᾶς ἡγουμένευε στὴν Μονὴ Ἐσφιγμένου. Μαρτυρεῖται ὅτι γιὰ ἀρκετοὺς μῆνες ἐγκαταβίωσε στὸ μετόχι τῆς Γοργοεπηκόου διευθετώντας ὑποθέσεις τῆς μονῆς του. Ἡ ἁγιότητα τῆς μορφῆς του ἄφησε ἀνεξάλειπτη τὴν μνήμη του στοὺς ἀνθρώπους τῆς περιοχῆς. Τὴν σύνδεση τοῦ ἁγίου μὲ τὸν ναό μας ὑποδηλώνει μεγάλη εἰκόνα του στὸ σημερινὸ τέμπλο.
Καὶ ὁ μοναχὸς Ἰγνάτιος ἀπὸ τὸ Σμολένσκ τῆς Ρωσίας, ποὺ ἐπισκέφθηκε τὴν Θεσσαλονίκη τὸ 1405, ἀναφέρει τὴν ὕπαρξη τῆς μονῆς τῆς Παναγίας Γοργοεπηκόου. Ἡ μονὴ εἶχε ὀργανωθεῖ πλήρως κτιριακά, μὲ τὸ καθολικό, μεγάλο αὔλειο χῶρο δυτικά τοῦ ναοῦ, ποὺ ἐκτείνονταν μέχρι τὴν σημερινὴ ὁδὸ Πατριάρχου Ἰωακείμ, βοηθητικὰ κτίρια, καὶ δύο ναΐσκους ὡς παρεκκλήσια, τὴν Ἁγία Παρασκευὴ ποὺ προαναφέραμε, καὶ λίγο πιὸ κάτω στὴν σημερινὴ τυφλὴ ὁδὸ Πατρικίου τὴν Ἁγία Ἐλεοῦσα. Τὴν Ἁγία Ἐλεοῦσα πρόλαβαν νὰ τὴν δοῦν ὁρισμένοι ζῶντες πρὶν ἀποτεφρωθεῖ ἀπὸ πυρκαγιὰ γύρω στὸ 1950 καὶ λένε ὅτι εἶχε παμπάλαιες βυζαντινὲς εἰκόνες καὶ κατανυκτικὴ ἀτμόσφαιρα. Παρεκκλήσιο εἶχε ἐσωτερικὰ καὶ τὸ καθολικό ἀφιερωμένο στὸν Ἅγιο Παντελεήμονα.
Τὸ 1430 ἡ Θεσσαλονίκη ἁλώθηκε ἀπὸ τὸν Μουρὰτ Β΄, ὁ ὁποῖος ἀμέσως μετέτρεψε σὲ τζαμὶ τὸν ναὸ τῆς Ἀχειροποιήτου καὶ σταδιακὰ τὴν Ἁγία Σοφία, τὸν Ἅγιο Δημήτριο, τὸν Προφήτη Ἠλία, τὴν Ἁγία Αἰκατερίνη, τοὺς Δώδεκα Ἀποστόλους, τοὺς Ταξιάρχες, τὸν Ἅγιο Γεώργιο-Ροτόντα καὶ τὴν Μονὴ τῆς Περιβλέπτου, δηλαδὴ τὸν σημερινὸ Ἅγιο Παντελεήμονα στὴν ὁδὸ Ἰασωνίδου.
Σώθηκαν ὅσοι ναοὶ ἦταν ἀγιορείτικα μετόχια, σταυροπήγια, ἢ μονὲς τῆς πόλης. Σώθηκε λοιπὸν ἡ Παναγούδα, ὁ Ἅγιος Ἀθανάσιος ὡς μετόχι τῆς Μεγίστης Λαύρας τοῦ Ἁγίου Ὄρους, ἡ Ὑπαπαντὴ μὲ τὸν Ἅγιο Ὑπάτιο (Παναγία Δεξιά) ὡς μετόχι τῆς σταυροπηγιακῆς Μονῆς τῆς Ἁγίας Ἀναστασίας στὰ σημερινὰ Βασιλικὰ λίγο ἔξω ἀπὸ τὴ Θεσσαλονίκη, ἡ Μεγάλη (Νέα) Παναγία ὡς ἱεροσολυμιτικὸ μετόχι, ὁ Ἅγιος Νικόλαος ὁ Ὀρφανός, ἡ Λαγουδιανὴ (Λαοδηγήτρια), ὁ Ἅγιος Ἀντώνιος, οἱ Ἅγιοι Κωνσταντῖνος καὶ Ἑλένη, καὶ πλῆθος ναΐσκων καὶ παρεκκλησίων βυζαντινῶν καὶ μεταβυζαντινῶν. Αὐτοὶ ὅλοι οἱ ναοὶ σχημάτισαν μιὰ ἁλυσίδα ποὺ περιέζωνε προστατευτικὰ τὴν Ἑλληνικὴ Κοινότητα. Ἡ ἐκκλησιαστικὴ καὶ μοναστηριακὴ ἰδιοκτησία ἀπέβη σπουδαιότατος συντελεστὴς τοῦ κοινωνικοῦ καὶ οἰκονομικοῦ βίου τῶν Ἑλλήνων κατὰ τὴν τουρκοκρατία.
Ἑπόμενο ἦταν νὰ σημειωθοῦν ἀλλαγὲς στὴν Παναγούδα. Κατ΄ἀρχὰς, ἐκτὸς ἀπὸ τὸ Ἅγιον Ὄρος ἡ χρήση καμπάνας ἀπαγορεύθηκε ἀπὸ τοὺς Τούρκους. Ἐπιτρέπονταν μόνο ξύλινα σήμαντρα (τάλαντα). Αὐτὸ κράτησε περίπου τρεῖς αἰῶνες. Μετὰ σιγὰ σιγὰ καὶ ὑπὸ τὸν φόβο καταγγελιῶν ἔγινε ἀνεκτὴ ἡ χρήση τῶν «κωδώνων». Στὴν Παναγούδα γιὰ καμπάνα καὶ καμπαναριὸ πρώτη φορὰ γίνεται γραπτὸς λόγος τὸ 1863. Τὸ σημερινὸ κωδωνοστάσιο στὴν αὐλὴ βορειοδυτικὰ τοῦ ναοῦ ἀνηγέρθη στὶς ἀρχὲς τοῦ προηγούμενου αἰῶνα. Προηγουμένως ἡ καμπάνα ἦταν ἀνηρτημένη σὲ πρόχειρο κωδωνοστάσιο νοτιοανατολικὰ τοῦ ναοῦ.
Κατὰ τὸ 1570, ὅπως εἴπαμε παραπάνω, ἡ Μονὴ τῆς Περιβλέπτου ἔγινε τζαμί. Τὰ ἱερὰ σκεύη τοῦ ναοῦ της μεταφέρθηκαν στὸ παρεκκκλήσιο του Ἁγίου Παντελεήμονος ἐντὸς τοῦ ναοῦ τῆς Παναγούδας. Ἐκεῖ φυλάχθηκαν γιὰ 350 περίπου χρόνια καὶ ἀποδόθηκαν πίσω μετὰ τὴν ἀπελευθέρωση τῆς Θεσσαλονίκης τὸ 1912 καὶ μετὰ ἀπὸ στοιχειώδεις ἐπισκευὲς γιατὶ οἱ Τοῦρκοι εἶχαν ἀφήσει τὸ τζαμὶ νὰ ἐρειπωθεῖ. Τότε ὁ ναὸς μετονομάσθηκε ἀπὸ Παναγία Περίβλεπτος σὲ Ἅγιο Παντελεήμονα. Εἰκόνα τῆς Παναγίας Περιβλέπτου φυλάσσεται στὸ σκευοφυλάκιο τῆς Παναγούδας.
Ἀνάμεσα στὶς σημερινὲς ὁδοὺς Παλαιολόγου καὶ Πατριάρχου Ἰωακεὶμ χτίστηκε τζαμὶ ποὺ οἰκειοποιήθηκε μέρος τοῦ αὔλειου χώρου τῆς Μονῆς τῆς Γοργοεπηκόου, ἐνῶ ὁ ναὸς τῆς Παναγούδας περικυκλώθηκε ἀσφυκτικὰ ἀπὸ κατοικίες. Ἡ ὀνομασία Γοργοεπήκοος ἀτονεῖ, ἐνῶ ἡ μικρὴ Παναγία (Παναγούδα) ἀντιδιαστέλλεται μὲ τὴν Μεγάλη Παναγία (Νέα Παναγία). Ἡ μικρὴ τιμᾶται στὸ Γενέσιο τῆς Θεοτόκου, ἡ μεγάλη στὴν Κοίμηση. Εἰκάζεται ὅτι στὰ τέλη τοῦ 17ου αἰῶνα ἡ Παναγούδα λειτουργεῖ ὡς ἐνοριακὸς πλέον ναός καὶ ὄχι ὡς μετόχι. Σὲ κώδικα τοῦ ἔτους 1789, ὅπου ἀναγράφονται λογαριασμοὶ («κατάστιχα») «τῆς ἐν Θεσσαλονίκῃ ἐκκλησίας τοῦ Γενεσίου τῆς Θεοτόκου ἐπονομαζομένης Παναγούδας» ἀνευρίσκεται ἡ πιὸ παλιὰ γραπτὴ μαρτυρία γιὰ τὸν ἐνοριακὸ ναὸ τῆς Παναγούδας. Τὸν κώδικα αὐτὸν καθὼς καὶ ἄλλες πηγὲς μελέτησε ὁ καθηγητὴς Στογιόγλου.
Ἡ πρώην μοναστηριακὴ ἔκταση ἔχει ἰδιωτικοποιηθεῖ. Τὰ παρεκκλήσια τῆς Ἅγίας Παρασκευῆς καὶ τῆς Ἁγίας Ἐλεοῦσας περιῆλθαν σὲ εὔπορες οἰκογένειες Ἑλλήνων. Τὰ οἰκόπεδα ὀλόγυρα ἀπὸ τὴν ἐκκλησία ἀνῆκαν στοὺς Πάικους, τὸν Ζαρκάδη καὶ ἄλλους προύχοντες τῆς Ἑλληνικῆς Κοινότητας. Κάτω ἀπὸ τὸν σημερινὸ ναὸ τοῦ Ἁγίου Παντελεήμονα βρισκόταν τὸ τεράστιο, σὰν φρούριο, σπίτι τοῦ Χριστόδουλου Μπαλάνου, ὁ ὁποῖος θανατώθηκε μαζὶ μὲ ἄλλους Ἕλληνες ἀπὸ τοὺς Τούρκους ὡς ἀντίποινα γιὰ τὴν ἐπανάσταση τοῦ 1821. Τὸ οἰκόπεδο τῆς ἴδιας τῆς Παναγούδας περιῆλθε στὸν Νικόλαο Ρογκότη, Βλάχο στὴν καταγωγὴ ἀπὸ τὴν Παραμυθία τῆς Ἠπείρου, γενάρχη μιᾶς ἀπὸ τὶς σημαντικότερες οἰκογένειες τῆς πόλης. Τὸ σπίτι του βρισκόταν στὴν αὐλὴ τῆς Οἰκοκυρικῆς Σχολῆς ποὺ τότε λειτουργοῦσε ὡς σχολεῖο τῆς Ἑλληνικῆς Κοινότητας. Ὁ Ρογκότης δώρησε τὸ οἰκόπεδο τοῦ ναοῦ στὴν Μητρόπολη προκειμένου νὰ δημιουργήσει ἡ ἐνορία καὶ νομότυπα. Γύρω ἀπὸ τὴν Παναγούδα, λοιπόν, συγκεντρώθηκε ἡ ἀριστοκρατία τῶν Ἑλλήνων Χριστιανῶν τῆς πόλης. Ἡ ἱστορία τοῦ ναοῦ συνυφαίνεται μὲ τὴν ἱστορία τῆς Θεσσαλονίκης. Μέλη τῶν προαναφερθέντων οἰκογενειῶν διαχρονικὰ χρημάτισαν ἐπίτροποι τοῦ ναοῦ μὲ μεγάλη προσφορά. Ὅλοι αὐτοὶ ὑπέγραφαν τὰ ἔγγραφα γιὰ τὸ καλὸ τῆς Παναγούδας, ὥστε νὰ διατηρηθεῖ τὸ ἑλληνικὸ ποίμνιό της ἀλώβητο καὶ γιὰ νὰ σωθεῖ τὸ Γένος.
Κατὰ τὴν τουρκοκρατία ἐπικράτησε στὴν Ἑκκλησία ὁ θεσμὸς τῶν ἐπιτρόπων. Ἔτσι καὶ στὴν Παναγούδα τὴν διαχείριση καὶ ἐποπτεία τῆς ἐνορίας εἶχε διακεκριμένη ὁμάδα ἐνοριτῶν ὑπὸ τὴν προεδρία τοῦ μητροπολίτου τῆς πόλης. Οἱ ἱερεῖς, οἱ διάκονοι καὶ τὸ λοιπὸ προσωπικὸ τοῦ ναοῦ προσλαμβάνονταν καὶ ἐξαρτῶνταν ἄμεσα ἀπὸ τοὺς ἐπιτρόπους. Οἱ κώδικες τοῦ ναοῦ διασώζουν τὶς ὑπογραφὲς καὶ τὴν δράση τῶν ἐπιτρόπων ἀπὸ τὸ 1752 ὡς τὸ 1898, ὁπότε καταργήθηκε ἡ ἀνεξάρτητη ἐπιτροπεία τῶν ναῶν τῆς πόλης καὶ οἱ ἐνορίες ὑπήχθησαν στὸν μητροπολίτη, ὅπως συμβαίνει καὶ σήμερα. Οἱ ἐπίτροποι τῆς Παναγούδας ἦταν πρόσωπα ἱκανά, μὲ μακρὰ διακονία στὴν Ἐκκλησία, κῦρος μπροστὰ στὴν ἐξουσία, καὶ προσέφεραν σημαντικὲς ὑπηρεσίες πρὸς τὴν ἐνορία καὶ τὴν Ἑλληνικὴ Κοινότητα. Γι΄αὐτὸ ὅλοι, μητροπολίτης, ἐνορῖτες, σύμπασα ἡ Κοινότητα, τοὺς εἶχαν ἐμπιστοσύνη καὶ στὰ πρακτικὰ τοῦ ἐτήσιου ἀπολογισμοῦ μόνον εὐχαριστίες ἐξέφραζαν πρὸς αὐτοὺς καὶ εὐχὲς νὰ τοὺς ἐνισχύει ἡ Παναγία στὸ ἔργο τους.
Πρὸ τοῦ 1817 οἱ ἐπίτροποι εἶχαν ἀσχοληθεῖ μὲ τὴν ἀνέγερση οἰκοδομῆς, τὰ «παπαδικά», ὅπου σὲ ὀντάδες (δωμάτια) θὰ ἔμεναν οἱ ἱερεῖς, ἀλλὰ καὶ ἰδιῶτες ἐνοικιαστὲς. Ὅμως τὴν 1η Μαρτίου τοῦ 1817, ἡμέρα Τετάρτη καὶ κατὰ τίς 5 τὸ πρωί, συνέβη ἡ πυρκαγιὰ ποὺ κατέστρεψε τὸν ναὸ καὶ ὅ,τι αὐτὸς περιεῖχε. Γείτονα κτίρια δὲν ἐθίγησαν. Ὁ κειμηλιακὸς πλοῦτος τοῦ ναοῦ ἀφανίσθηκε ἐκτὸς τοῦ «Ἐπιταφίου τῆς Θεσσαλονίκης» ποὺ λόγω τῆς ἀξίας του φυλάσσονταν προφανῶς στὴν οἰκία κάποιου ἐπιτρόπου. Ἀφοῦ καθαρίσθηκε καὶ προετοιμάσθηκε τὸ οἰκόπεδο, ὁ νέος ναὸς ἀνοικοδομήθηκε στὸν ἴδιο χῶρο ἀλλὰ κατά τι φαρδύτερος καὶ πρὸς τὸν νάρθηκα μακρύτερος παρὰ τὴν ρητὴ διαταγὴ τῶν τουρκικῶν ἀρχῶν περὶ μὴ ἐπεκτάσεως. Αὐτὸ ἐπετεύχθη χάρη στὴ ἀνύστακτη μέριμνα τοῦ ἰσχυρότερου τότε Θεσσαλονικέως, τοῦ Ἰωάννη Καυταντζόγλου, τοῦ ἐξίσου ἰσχυροῦ Χριστόδουλου Μπαλάνου, τοῦ ἐπιτρόπου τοῦ ναοῦ Νικολάου Ρογκότη καὶ τοῦ μητροπολίτου Ἰωσήφ. Παρόλο ποὺ ὅλοι ἔδωσαν τὸν ὀβολό τους, χρειάστηκε νὰ συναφθεῖ καὶ δάνειο ἀπὸ τὰ ταμεῖα τῆς ἑλληνικῆς Κοινότητας, τὸ ὁποῖο ἐπὶ χρόνια ἀποπληρώνονταν συνετὰ καὶ τακτικά. Τὰ ἐγκαίνια τοῦ νέου ναοῦ τελέσθηκαν τὸν Ὀκτώβριο τοῦ 1818, ὅπως μαρτυρεῖ καὶ ἡ ἀνάγλυφη πλάκα ποὺ ἐντοιχίσθηκε πάνω ἀπὸ τὴν εἴσοδο: «† 1818 Ὀκτωβρίου 2» .
Ἀρχιτεκτονικὰ ὁ ναὸς τῆς Παναγούδας ἀνήκει στὸν τύπο τῆς τρίκλιτης ξυλόστεγης βασιλικῆς μὲ γυναικωνίτη. Γιὰ τοὺς τοίχους χρησιμοποιήθηκαν μέλη ἀπὸ παλαιότερα οἰκοδομήματα, ἐνῶ γιὰ τὴν στέγη τὰ κουφώματα καὶ τὰ στασίδια, καθὼς καὶ παλιὰ ξυλεία. Ἕνδεκα χρόνια ἀργότερα, τὸ 1829, ζητήθηκε ἄδεια ἀπὸ τὶς τουρκικὲς ἀρχὲς νὰ ληφθεῖ ποσότητα ξυλείας πρὸς ἐπιδιόρθωση τοῦ ναοῦ. Τὸ θέμα τῆς φθορᾶς τῶν ξύλινων μελῶν τοῦ ναοῦ ἀπέβη διαχρονικό. Πρὸς δόξαν Θεοῦ, ὁ μακαριστὸς μεγάλος εὐεργέτης Στυλιανὸς Χατζηελευθερίου (†2014) ἀνακαίνισε μὲ δικές του δαπάνες ὅλο τὸν ναὸ τὸ 2001.
Οἱ εἰκόνες τοῦ τέμπλου παραγγέλθηκαν ἄμεσα καὶ τοποθετήθηκαν τὸ 1820. Οἱ μορφές, τὰ χρώματα καὶ γενικὰ ἡ τεχνοτροπία εἶναι τῆς λεγόμενης δυτικῆς, ἀναγεννησιακῆς καὶ ρωσικῆς τεχνοτροπίας, μὲ ἀρκετὰ εὐτραφῆ, θαλερά, εὔχροα πρόσωπα καὶ στιλπνὴ παρουσίαση. Οἱ εἰκόνες εἶναι ἐκφραστικὲς καὶ κάθε μία ἔχει τὴν ἰδιαιτερότητά της. Εικόνα 8 Παναγία τέμπλου Αγίας Άννης
Τὴν προσπάθεια ἐξωραϊσμοῦ τοῦ ναοῦ ἀνέκοψε ἡ ἐπανάσταση τοῦ 1821. Ὡς ἀντίποινα σημειώθηκαν σφαγὲς καὶ λεηλασίες εἰς βάρος τῶν Χριστιανῶν καὶ ἐπεβλήθη ἀτμόσφαιρα τρόμου καὶ παρακολούθησης. Οἱ ἐνορῖτες, κλεισμένοι ἐπὶ πολλοὺς μῆνες στὰ σπίτια τους, δὲν τολμοῦσαν οὔτε στὴν ἐκκλησία νὰ πᾶνε. Αὐτὴ ἡ κατάσταση κράτησε περίπου ἐνάμισυ χρόνο καὶ μετὰ σιγὰ σιγὰ ὁμαλοποιήθηκε. Ἡ Παναγούδα θρηνοῦσε δύο ἀπώλειες τουλάχιστον: ὁ Χριστόδουλος Μπαλάνος, προύχοντας ἐνορίτης, ἀπαγχονίσθηκε καὶ ὁ δραστήριος ἐπίτροπος καὶ μεγάλος εὐεργέτης τοῦ ναοῦ Νικόλαος Ρογκότης διέφυγε καὶ ἔκτοτε δὲν μπόρεσε ἢ δὲν θέλησε νὰ ἐπιστρέψει.
Ἄγνωστο πότε, ἀλλὰ μεταξὺ τῶν ἐτῶν 1821-31, ἐμφανίσθηκε στὴν θάλασσα στὰ ἀνοιχτὰ τοῦ Λευκοῦ Πύργου νὰ πλέει μιὰ μεγάλη εἰκόνα. Ὅταν ἡ παρουσία της ἔγινε μὲ θαυματουργικὸ τρόπο ἀντιληπτή, περισυνελέγη μὲ εὐλάβεια ἀπὸ τὸ ἱερατεῖο καὶ τὸν εὐσεβῆ λαὸ καὶ τοποθετήθηκε ἀρχικὰ σὲ μικρὸ παρεκκλήσιο τῆς παραλίας, ἐνῶ ἀργότερα μεταφέρθηκε στὴν Παναγούδα. Ἡ εἰκόνα χρονολογεῖται στὸν 16ο αἰῶνα καὶ φέρει θαυμάσια ἀσημένια ἐπένδυση. Ἡ μορφὴ τῆς Παναγίας, μὲ τὰ μεγάλα καὶ ἐκφραστικὰ μάτια της, τὸ πρᾶο καὶ ἀπαθὲς βλέμμα της καὶ τὴν μητρικὴ στάση της, μαγνητίζει καὶ κατανύσσει τὸν προσκυνητή.
Ἡ εἰκόνα σχετίσθηκε μὲ τὴν περιλάλητη θαυματουργὸ εἰκόνα τῆς Μονῆς Δοχειαρίου τοῦ Ἁγίου Ὄρους, τὴν Γοργοϋπήκοο. Ἄν πρόκειται γιὰ ἀντίγραφό της, φέρει μικρὲς διαφορές: τὰ πρόσωπα εἶναι πιὸ γεμάτα καὶ στρογγυλά, τὰ χείλη κόκκινα, τὰ μάτια μεγαλύτερα. Τὸ παλιὸ προσωνύμιο τοῦ ναοῦ “Γοργοεπήκοος” ἀναβιώνει μὲ ζέση. Γιὰ τοῦ λόγου τὸ ἀκριβές, ἡ Παναγία τῆς Δοχειαρίου εἶχε ζητήσει μὲ τὸ πρῶτο της θαῦμα, τὸ 1664, νὰ ἀποκαλεῖται πλέον Γοργοϋπήκοος. Οἱ δύο λέξεις ἔχουν μικρὴ διαφορά: Γοργοεπήκοος εἶναι αὐτὴ ποὺ ἀκούει προσεκτικὰ καὶ σπεύδει νὰ ἀνταποκριθεῖ, ἐνῶ Γοργοϋπήκοος εἶναι αὐτὴ ποὺ συγκαταβαίνει στὸ αἴτημα τοῦ πιστοῦ καὶ σπεύδει νὰ ἀνταποκριθεῖ. Προκειμένου γιὰ τὸ ναό, οἱ παλιοὶ Θεσσαλονικεῖς χρησιμοποιοῦν ἀδιάκριτα τὶς λέξεις Γοργοεπήκοος καὶ Παναγούδα.
Ἀπὸ τὸ 1830 ἡ πολιτικὴ καὶ κοινωνικὴ τάξη τῆς πόλης ὁμαλοποιεῖται καὶ ἡ ἐνορία ξαναβρίσκει τὸν ρυθμό της. Κατοικίες ἔχουν περικυκλώσει τὸν ναὸ τόσο ἀσφυκτικά, ποὺ μερικὲς κοντεύουν νὰ πέσουν πάνω της. Πρὸς διεύρυνση τοῦ αὐλόγυρου οἱ ἐπίτροποι ἀγόρασαν ἐτοιμόρροπες κατοικίες, καθὼς καὶ ἕνα κονάκι τῆς Μονῆς Ἁγίου Παύλου τοῦ Ἁγίου Ὄρους ποὺ δὲν χρησιμοποιοῦνταν, τὶς κατεδάφισαν καὶ διαμόρφωσαν αὔλειο χῶρο καὶ κῆπο («μπαχτσέ») γύρω ἀπὸ τὸ ναό, ὅπου μὲ τὴν καλλιέργεια κηπευτικῶν καὶ τὴν ἐκτροφὴ μεταξοσκωλήκων στόχευαν στὴν ἐνίσχυση τῶν ἐσόδων τοῦ ναοῦ.
Γύρω στὸ 1850 σημειώνεται αἰσθητὴ ἄνοδος τοῦ ναοῦ. Ἐπίτροπος εἶναι ἕνα πολὺ σημαντικὸ πρόσωπο, ὁ Στέργιος Γεωργίου, ὁ ὁποῖος προβαίνει στὸν ἐσωτερικὸ ἐξωραϊσμὸ τοῦ ναοῦ. Τότε παραγγέλνονται καὶ περίπου 70 εἰκόνες ἐξαιρετικῆς ἀγιογράφησης ποὺ σήμερα ἀποτελοῦν τὸν κύριο κειμηλιακὸ πλοῦτο τοῦ ναοῦ. Τὰ ἔσοδα τοῦ ναοῦ ἐπιτρέπουν πολυπρόσωπη στελέχωση: τρεῖς ἱερεῖς, ἕνας ἱεροδιάκονος, ἕνας ἱεροκήρυκας, δύο ψάλτες, ὁ κανδηλανάπτης, ἡ ἐκκλησάρισσα καὶ ὁ πορτάρης. Τότε εντοιχίσθηκε καὶ ἡ ἐνεπίγραφος πλάκα πάνω ἀπὸ τὴν κύρια εἴσοδο.
Τὰ ἔσοδα τοῦ ναοῦ προέρχονται ἀπὸ τὰ κεριά, τοὺς δίσκους, τὶς πανηγύρεις, τὰ ἐνοίκια, τὸν κῆπο, τὶς δωρεές, καὶ φυσικὰ ἀπὸ τὶς ἱεροπραξίες, τέλεση μυστηρίων, σαρανταλείτουργα, ἰδιωτικὲς θεῖες λειτουργίες καὶ ἀγρυπνίες, ἀρτοκλασίες, μνημόσυνα κ.λ.π. Δύο πηγὲς ἐσόδων σήμερα δὲν ὑφίστανται. Ἡ μία εἶναι ἡ πώληση στασιδίων σὲ εὔπορους ἐνορῖτες. Ἡ ἄλλη ὀνομάζεται «παρρησία» καὶ εἶναι ἡ μνημόνευση φωναχτά («παρρησία») τοῦ ὀνόματος τοῦ ἐνορίτη ἀπὸ τὸν ἱερέα κατὰ τὴν Μεγάλη Εἴσοδο τῆς θ. Λειτουργίας στὸ σημεῖο τῆς μεγάλης δέησης ὑπὲρ ζώντων καὶ ἀργότερα κεκοιμημένων.
Μετὰ τὴν ἀπελευθέρωση τῆς πόλης τὸ 1912 καὶ τὴν ἐπανάκτηση τῶν βυζαντινῶν ναῶν ἀπὸ τοὺς Χριστιανοὺς, ἡ μητρόπολη Θεσσαλονίκης τὸ 1915 ἀντιμετώπισε τὸ πρόβλημα τῶν ἐξ ἀνατολικῆς Θράκης Ἑλλήνων προσφύγων λόγω τῶν κεμαλικῶν διώξεων. Γιὰ τὴν προσωρινή στέγασή τους κατήργησε ὁρισμένους ναούς, μεταξὺ αὐτῶν καὶ τὴν Παναγούδα, τὶς ἐνορίες τῶν ὁποίων ὑπήγαγε στοὺς μεγάλους ναούς. Ἡ ἐνορία τῆς Παναγούδας ἀριθμοῦσε τότε περίπου 350 οἰκογένειες, δηλαδὴ πάνω ἀπὸ 2000 ἄτομα, οἱ ὁποῖες διαμοιράσθηκαν στὶς ἐνορίες τὴς Ἁγίας Σοφίας καὶ τοῦ Ἁγίου Γεωργίου-Ροτόντα. Τὰ κειμήλια, οἱ εἰκόνες καὶ ἡ λοιπὴ περιουσία τοῦ ναοῦ παραδόθηκαν μὲ πρωτόκολλο πρὸς φύλαξη στοὺς ἐπιτρόπους. Φυσικὰ οἱ ἐνορῖτες ἀντέδρασαν καὶ ἀφοῦ ἐπὶ πενταετία ἀγωνίσθηκαν μὲ ἐπανειλημμένα ὑπομνήματα καὶ αἰτήσεις, πέτυχαν τὸ 1920 τὴν ἐπαναλειτουργία τοῦ ναοῦ τους. Τότε ὁ μητροπολίτης Γεννάδιος κατήρτισε ἐπιτροπὴ πρὸς ρύθμιση τῶν ὁριστικῶν συνόρων τῆς ἐνορίας, τὰ ὁποῖα ἰσχύουν μέχρι σήμερα. Στὴν Παναγούδα ὑπήχθησαν καὶ τὰ παρεκκλήσια τῆς Μεταμόρφωσης, τῆς Ἐλεοῦσας καὶ τῆς Ἁγίας Παρασκευῆς. Τὰ δύο τελευταῖα, ὅπως εἴπαμε, δὲν σώζονται σήμερα.
Γύρω στὸ 1950 παραγγέλθηκε καὶ τὸ σημερινὸ ξύλινο τέμπλο καὶ, ἄγνωστο πότε, τὸ παρεκκλήσιο τοῦ Ἁγίου Παντελεήμονα στὸ κλῖτος τῶν γυναικῶν μετονομάσθηκε σὲ Ζωοδόχου Πηγῆς. Εικόνα Ζωοδόχου Πηγῆς.